autophonon

All you need to get going is a vasp.in file with the RELAXED structure in it, as well as comp.config and fitfc.config files.

Typical usage:
autophonon > log.out

This will just show you progress and not actually launch any jobs automatically. To do that,
autophonon run > log.out

comp.config file:
# job identifier (careful, don't make it longer than 2 or 3 characters!)
FO
# nodes to use for relaxation
1
# number of cpus to use for relaxation
2
# walltime to use for relaxation
8
# nodes to use for static calculations
1
# number of cpus to use for static calculations
4
# walltime to use for static calculations
16

fitfc.config file:
# Format: value for er, then ns, then ms, then dr
5
3
0.04
0.1

autophonon script:

#!/bin/sh

function cleanhouse {
echo "Cleaning old files..."
foreachfile vasp.in rm OSZICAR OUTCAR *.q str_relax.out &> /dev/null
foreachfile -d 2 vasp.in rm OSZICAR OUTCAR *.q str_relax.out &> /dev/null
}

function jobsub {
jobname=$1
jobtype=$2
if [ $jobtype = "relax" ]; then
        sed -e '/ISIF/d' INCAR > INCAR.new
        echo "ISIF = 4" >> INCAR.new
        mv INCAR.new INCAR
else
        sed -e '/ISIF/d' INCAR > INCAR.new
        echo "ISIF = 2" >> INCAR.new
        mv INCAR.new INCAR
        sed -e '/IBRION/d' INCAR > INCAR.new
        echo "IBRION = -1" >> INCAR.new
        mv INCAR.new INCAR
        sed -e '/NSW/d' INCAR > INCAR.new
        echo "NSW = 0" >> INCAR.new
        mv INCAR.new INCAR
  sed -e '/ISMEAR/d' INCAR > INCAR.new
  echo "ISMEAR = -5" >> INCAR.new
  mv INCAR.new INCAR
        sed -e '/ALGO/d' INCAR > INCAR.new
  echo "ALGO = FAST" >> INCAR.new
        mv INCAR.new INCAR

fi
if [ $jobtype = "relax" -o $jobtype = "volstatic" ]; then
                                makeqfile $jobname $relaxnodes $relaxcpu $relaxtime
else makeqfile $jobname $staticnodes $staticcpu $statictime
fi
qsub $jobname.q
sleep 10
}

function statuscheck {
jobname=$1
jobtype=$2
user=`whoami`
if [ -e OSZICAR ]; then
                                tail -1 OSZICAR
        else echo "No OSZICAR; this step has not made any progress"
fi
if [ "$runmode" = "run" ]; then
                queuestatus=`qstat | grep $user | grep $jobname`
                if [ "$queuestatus" ]; then
                        echo "Job $jobname is running"
                        echo $queuestatus
                        else echo "Job $jobname is not running"
                        jobsub $jobname $jobtype
                fi
fi
}

function printenergy {
file=$1
grep TOTEN $1 | tail -1
}

function relax1check {
vol=$1
if [ -e OUTCAR.relax1 ]; then
                                echo "vol_$vol is done with the first relaxation!"
                                printenergy OUTCAR.relax1
elif [ -e OUTCAR ] && grep -q "required accuracy" OUTCAR && [ ! -e OUTCAR.relax1 ]; then
                                sleep 30
                                mv OUTCAR OUTCAR.relax1
                                mv OSZICAR OSZICAR.relax1
                                cp INCAR INCAR.relax1
                                cp CONTCAR POSCAR
elif [ ! -e OUTCAR.relax1 ]; then
                                echo "vol_$vol first relaxation in progress"
                                statuscheck "$id"v"$vol"r1 relax
fi
}

function relax2check {
vol=$1
if [ -e OUTCAR.relax2 ]; then
                                echo "vol_$vol is done with the second relaxation!"
                                printenergy OUTCAR.relax2
elif [ -e OUTCAR ] && [ -e OUTCAR.relax1 ] && grep -q "required accuracy" OUTCAR; then
                                sleep 30
                                mv OUTCAR OUTCAR.relax2
                                mv OSZICAR OSZICAR.relax2
                                cp INCAR INCAR.relax2
                                cp CONTCAR POSCAR
elif [ -e OUTCAR.relax1 ]; then
                                echo "vol_$vol second relaxation in progress"
                                statuscheck "$id"v"$vol"r2 relax
fi
}

function volstatic {
vol=$1
volindex=$2
if [ -e OUTCAR.static ]; then
                                echo "vol_$vol is done with its static calculation"
                                printenergy OUTCAR.static
                                let volindex=$volindex+1
                                if [ ! -e str_relax.out ]; then
                                                                extract_vasp
                                fi
elif [ -e OUTCAR ] && [ -e OUTCAR.relax2 ] && grep -q "aborting loop" OUTCAR; then
                                sleep 30
                                mv OUTCAR OUTCAR.static
                                mv OSZICAR OSZICAR.static
                                cp INCAR INCAR.static
elif [ -e OUTCAR.relax2 ]; then
                                echo "vol_$vol static calculation in progress"
                                statuscheck "$id"v"$vol"st volstatic
fi
return $[$volindex]
}

function staticcheck {
vol=$1
staticindex=0
staticdone=0
for file in $(ls); do
                                if [ -d $file ]; then
                                                                echo "Checking static calculation directory $file"
                                                                cd $file
                                                                if [ -e OUTCAR.static ]; then
                                                                                                echo "$file static calculation is done!"
                                                                                                let staticdone=$staticdone+1
                                                                                                printenergy OUTCAR.static
                                                                                                if [ ! -e str_relax.out ]; then
                                                                                                 extract_vasp
                                                                                                fi
                                                                elif [ -e OUTCAR ] && grep -q "aborting loop" OUTCAR; then
                                                                                                sleep 30
                                                                                                mv OUTCAR OUTCAR.static
                                                                                                mv OSZICAR OSZICAR.static
                                                                                                cp INCAR INCAR.static
                                                                elif [ -e ../OUTCAR.relax2 ]; then
                                                                                                echo "$file static calculation in progress"
                                                                                                statuscheck "$id"v"$vol"s"$staticindex" static
                                                                cd ..
                                                                fi
                                let staticindex=$staticindex+1
                                fi
done
return $[$staticindex-$staticdone]
}

# get necessary variables
runmode=$1
erval=`sed -n '2p' fitfc.config` 
nsval=`sed -n '3p' fitfc.config`
msval=`sed -n '4p' fitfc.config`
drval=`sed -n '5p' fitfc.config`
id=`sed -n '2p' comp.config`
relaxnodes=`sed -n '4p' comp.config`
relaxcpu=`sed -n '6p' comp.config`
relaxtime=`sed -n '8p' comp.config`
staticnodes=`sed -n '10p' comp.config`
staticcpu=`sed -n '12p' comp.config`
statictime=`sed -n '14p' comp.config`

# set up str.out and str_relax.out files
function str_out {
rm str.out
sed -e '/./{H;$!d;}' -e 'x;/POSCAR/!d;' vasp.in | sed 's/^[ \t]*//' > tmp
sed -n '5,7p' tmp > str.out
latparam=`sed -n '4p' tmp |  sed 's/^[ \t]*//'`
cat >> str.out << EOF
$latparam 0 0
0 $latparam 0
0 0 $latparam
EOF
sed '1,8d' tmp >> str.out
rm tmp
cp str.out str_relax.out
}

# set up vasp.wrap file
function vasp_wrap {
sed '/POSCAR/,$d' vasp.in > vasp.wrap
}

# get list of the volume folders ATAT creates
function getvollist {
i=1
for file in $(ls); do
                                if echo $file | grep vol_; then
                                                                vollist[i]=`echo $file`
                                        fi
done
echo $vollist
}

# Function to generate a queue file for encina
# $1: name of .q file; $2: ncpus; $3: walltime
function makeqfile {
if [ `hostname` == "encina" ]; then
cat > $1.q << EOF
#PBS -l ncpus=$3
#PBS -l walltime=$4:00:00

cd $`echo PBS_O_WORKDIR`

echo Running on host \`hostname\`
echo Time is \`date\`
echo Directory is \`pwd\`
echo ""

mpirun -np $3 /usr/local/bin/vasp
EOF

elif [ `hostname` == "master.cl.northwestern.edu" ]; then
cat > $1.q << EOF
#PBS -l nodes=$2:ppn=$3
#PBS -l walltime=$4:00:00

# This job's working directory
# echo Working directory is $`echo PBS_O_WORKDIR`
cd $`echo PBS_O_WORKDIR`

echo ""

echo Running on host \`hostname\`
echo Time is \`date\`
echo Directory is \`pwd\`
echo This jobs runs on the following processors:
echo \`cat $`echo PBS_NODEFILE`\`
# Define number of processors
NPROCS=\`wc -l < $`echo PBS_NODEFILE`\`
echo This job has allocated $`echo NPROCS` nodes
  
echo ""
echo ==========================================================================
echo ""
  
mpirun -machinefile $`echo PBS_NODEFILE` -np $`echo NPROCS` /usr/local/bin/vasp

EOF
fi
}

# if runmode is "run", submit jobs; otherwise, just print status
function getnewcalcs {
fitfc -er=$erval -ns=$nsval -ms=$msval -dr=$drval
sleep 10
foreachfile str.out str2ezvasp
foreachfile -d 2 str.out str2ezvasp
foreachfile vasp.in ezvasp -n vasp.in
foreachfile -d 2 vasp.in ezvasp -n vasp.in
}

# main body of script
cleanhouse
str_out
vasp_wrap
getnewcalcs
vollist=`getvollist`

while [ 1 ]; do
                                sleep 15
voldone=0
staticremaining=0
for i in $vollist; do
                                echo "Checking $i..."
                                cd $i
                                relax1check $i
                                relax2check $i
                                volstatic $i $voldone
                                voldone=$?
                                dirs_here=`ls -l | egrep '^d'`
                                # prepare static calculations if all volumes are done and they do not already exist
                                if [ "$voldone" == "$nsval" ] && [ ! "$dirs_here" ]; then
                                                                cd .. 
                                                                getnewcalcs
                                fi
                                staticcheck $i
                                let staticremaining=$staticremaining+$?
                                cd ..
done
                                if [ "$voldone" == "$nsval" ] && [ "$staticremaining" == "0" ] && ls vol_0 | grep p+; then 
                                                                echo "Phonon calculation complete!"
                                                                break
                                fi
                                echo "$voldone of $nsval volume calculations complete"
                                echo "$staticremaining static calculations remaining"
                                echo "*****************************************"
done
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